働きながら通信制大学を卒業するコツがあれば教えてほしいです。

＞このモヤモヤを解決するために通信制の大学に進み、きちんと卒論を書くことで、最初に進学した専攻のことはなかったことにしたいです。

え、最終学歴を、通学制の大学ではなく、通信制大学にしたいんですか？
今度は周囲に「なんで社会人になってから通信制大学に行ったの？」「現役時は大学進学してなかったの？」と思われたり聞かれたりして、説明することになったり、もっとモヤモヤが増えるだけだと思うんですが。
周囲も認める歴史オタク（？）なのに、大学の出身専攻が歴史でないことを他人に言われても、そんなの「余計なお世話」ですよ。気にするだけ無駄。他人はそこまで深い考えがあって言ってるわけじゃないんだから。
聞かれたら「歴史は趣味なんで」「大学で専攻したことがいまの仕事につながってるんで」とでも言って受け流せば良いのですよ。
歴史好き＝歴史専攻、という発想自体が浅はかだと思いますけどね。実際、あなたのように「好き」だけで進学しているわけじゃない人もたくさんいるのに。

ちなみに私は史跡巡り（国内・海外）が好きだし、日本美術（現代以外）や西洋美術も好きで、それなりに詳しいので、ときどき「（歴史や美術の）専門家ですか？」と言われることすらありますが、大学での専攻は異なります。趣味でその分野のサークルや部活に入ってはいましたけど、いわゆる専門家ではありません。
趣味って、そんなもんです。
だから、他人に「え、それだけ詳しいのに、○○専攻じゃないの？」と言われても、モヤモヤしたりはしません。「大学で○○専攻だったと思うほどに詳しい」という程度のお世辞だと思って受け止めています。

＞働きながら通信制大学を卒業するコツがあれば教えてください。

通信制大学は、働きながら 大卒の資格が取れるように 作られている筈です。
入試が無いので 誰でも入学できますから 、卒業は大変かもしれません。
実際に 通学制の普通の大学に比べて、卒業率は低くなっています。
あなたの様に 意欲をもって勉強するなら 目的は達せられると思いますよ。
頑張れ！！